En el periodo 2007-2013, el Programa SUDOE dará prioridad a la cofinanciación de proyectos de cooperación transnacional estructurantes, es decir, que presenten una mayor dimensión transnacional y con realizaciones y resultados concretos que tengan un gran impacto en el conjunto del territorio. Estos proyectos habrán de tener carácter estratégico, presentando una cooperación que no sólo se centre en el desarrollo de conocimientos y el intercambio de experiencias entre los beneficiarios, sino que vaya más allá, tenga perdurabilidad en el tiempo y consiga resultados tangibles que contribuyan a la cohesión territorial europea.

Todo lo anterior significa que se evitará cofinanciar proyectos de ámbito exclusivamente local y cuyos resultados no garanticen su transferibilidad a otras regiones del SUDOE, en particular a las que tienen un menor nivel de desarrollo. Igualmente, se deben evitar las acciones que se centren en elementos que no produzcan resultados visibles, con el fin de maximizar el valor añadido comunitario y la eficiencia del Programa.
Asimismo, el Comité de Seguimiento ha decidido que el proceso de selección de las candidaturas de la segunda convocatoria tendrá en consideración las propuestas que presenten las siguientes características:

- Enfocar los proyectos en actividades económicas de gran valor añadido que: sean representativos de la identidad del territorio; sean sectores de gran valor tecnológico e innovador; y aporten soluciones para la reconversión de sectores tradicionales.

- El desarrollo de modelos y herramientas innovadoras que ofrezcan soluciones prácticas a los desafíos planteados, que vayan más allá de la sensibilización sobre una problemática en particular;

- Los proyectos que impliquen un verdadero espíritu de cooperación transnacional y que vayan más allá de una serie de iniciativas de carácter local;

- Aquellos proyectos que presentan un mayor grado de transferibilidad. En particular, asegurar la transferibilidad y capitalización (mainstreaming) de los estudios y planes de actuación realizados dado el considerable volumen de los recursos destinados a los mismos en los proyectos aprobados;

- Proyectos de desarrollo o consolidación de sectores emergentes o recursos en los que se demuestre una ventaja comparativa del territorio SUDOE, que permitan el reconocimiento y la consolidación de la especialización del Espacio en sectores productivos o ambientales específicos y de gran valor añadido;

- Proyectos en materia de prospectiva del territorio que contribuyan a la vertebración del territorio desde un punto de vista ambiental y de valorización del paisaje, en particular para los proyectos que se presenten en la Prioridad 2;

- Proyectos que prevén una parte de inversión en infraestructuras de pequeña envergadura con carácter transnacional;

- Proyectos que aseguren una perdurabilidad de los resultados esperados.