Pour accompagner les bénéficiaires des projets dans la gestion et l'exécution des projets approuvés, un « guide de gestion » a été réalisé et mis en ligne. Ce guide est en fait composé de plusieurs fiches relatives aux différents aspects de la gestion administrative, physique, financière ainsi que du plan de communication. Il peut être téléchargé sur le site Internet dans la partie « Gestion des projets approuvés ».

Dans cette même rubrique, les bénéficiaires peuvent trouver les indications et documents modèles établis par les Etats membres pour procéder à la sélection du contrôleur de premier niveau.

Cette procédure est nouvelle dans la gestion financière du projet par rapport aux pratiques réalisées dans le programme INTERREG III B SUDOE. Le contrôle de premier niveau est l'étape qui consiste à valider les dépenses effectuées dans le cadre d'un projet SUDOE, vérifier leur adéquation avec les règlementations nationales et communautaires ainsi que l'approvisionnement les biens et les services cofinancés. Sauf pour le cas du Royaume-Uni (Gibraltar) qui dispose un système centralisé, les bénéficiaires du reste des autres Etats membres de l'espace SUDOE doivent proposer à leur correspondant national respectif un contrôleur de premier niveau qui aura pour mission de réaliser les tâches mentionnées. Les correspondants nationaux de chaque État devront accepter ou rejeter le contrôleur proposé par chaque bénéficiaire en accord avec les conditions établies, ainsi que de vérifier les contrôles que celui-ci effectue tout au long du projet.

Les guides et les modèles pour la sélection du contrôleur de premier niveau et pour la validation postérieure des dépenses est disponible sur le site Internet du programme.

Le processus de sélection et désignation du contrôleur de premier niveau, tout comme l'ensemble des procédures à suivre pendant l'exécution des projets, doit être effectué à travers l'application informatique du programme. Ce programme informatique développé « sur mesure » pour la gestion du programme et des projets approuvés SUDOE vise à centraliser toute l'information sur le développement les projets. Cet outil va permettre aux organes de gestion du programme d'améliorer le suivi des projets et l'exécution du programme, en améliorant notamment la piste d'audit et l'accès à l'information essentielle. Le développement et la mise en œuvre de cette application informatique vient de la volonté des organes de gestion visant à améliorer la gestion et le suivi du programme et des projets avec le défi de pouvoir raccourcir notamment les délais du circuit financier et en essayant de dématérialiser l'envoi des informations dans un souci de préservation de l'environnement.