Les propositions de projet reçues feront l'objet de deux analyses. Les candidatures de projets reçues seront soumises dans un premier temps à un examen vérifiant la conformité de la candidature au regard des conditions formelles décrites dans le texte de l'appel à projets mais aussi des 20 critères d'admissibilité. Si le projet passe cette première étape, il sera considéré comme éligible et passera donc la seconde analyse qui porte sur la proposition en elle-même.
Tout comme lors des deux appel à projets précédents, le comité de suivi a décidé de suivre la méthode de sélection en deux phases des candidatures de projets au regard des aspects positifs que cette dernière a présenté.
Au cours de la première phase, les candidatures seront co-instruites par le secrétariat technique conjoint d'une part et par les correspondants nationaux d'autre part sur la base d'une étude élaborée conformément aux critères de sélection décidés par le comité de suivi. Les conclusions de l'instruction ainsi que la notation obtenue par chacun d'entre eux, puisque les critères de sélection font l'objet d'une notation, seront soumis au comité de programmation. Sur la base de ces analyses, le comité se prononcera sur chaque candidature selon trois types de décisions. Un projet pourra être approuvé ou autorisé à passer à la seconde phase ou non autorisé à passer à la seconde phase.
Les projets autorisés à passer à la seconde phase recevront de la part du comité une série de recommandations afin d'améliorer la candidature sur plusieurs aspects à compléter. Cette seconde phase consiste donc dans un délai imparti par le comité de programmation d'apporter à ce que les projets apportent toute une série d'améliorations qualitatives tant sur le plan technique comme en ce qui concerne leur contribution aux objectifs du Programme et aux thématiques définies dans le texte de l'appel à projets.
Une fois ce délai expiré, les candidatures de projet seront à nouveau examinées selon les mêmes conditions suivies lors de la première phase. Le comité de programmation qui se réunira au terme de cette seconde phase décidera alors d'approuver ou non chacune des candidatures reçues.