El Comité de Programación es el órgano de gestión del Programa SUDOE responsable principalmente de la selección y aprobación de las ayudas que se conceden a los proyectos así como de las modificaciones que se pueden solicitar durante su ejecución. Está compuesto por los representantes de cada uno de los estados miembros que participan en el Programa, la Autoridad de Certificación, la Autoridad de Gestión y la Comisión Europea (a título consultivo).
La selección de los proyectos se lleva a cabo tras una co-instrucción técnica de los formularios de candidatura realizada por el Secretariado Técnico Conjunto y los corresponsales nacionales. El Comité de Programación toma sus decisiones sobre la base de una serie de criterios de selección publicados en el momento de la convocatoria. Los criterios de selección que se tuvieron en cuenta para esta convocatoria cubrían aspectos del proyecto en general, de los resultados esperados, de la composición del partenariado, del modelo financiero y de la adecuación con las políticas regionales, nacionales y comunitarias.