Les principaux changements entre les deux programmes sont à noter au niveau de:
La zone éligible du programme SUDOE 2007-2013 demeure pratiquement inchangée. Seule les îles atlantiques du SUDOE, Canarias, Madeira et Açores, ne font plus partie de la zone éligible
La contribution communautaire via le FEDER dans l'espace SUDOE augmente de 47,2% par rapport à la période précédente : elle atteint 99,4 millions d'euros pour la période 2007-2013 contre 67,2 millions d'euros pour la période 2000-2006.
Le taux de financement FEDER sera à présent unique pour l'ensemble des participants impliqués dans les projets soutenus par le Programme SUDOE. Ainsi, le taux de cofinancement des projets sera de 75% maximum. Les taux de cofinancement du programme INTERREG III B SUDOE 2000-2006 étaient variables selon les régions : jusqu'à 85 % pour les partenaires des régions ultrapériphériques, jusqu'à 75 % pour les partenaires des régions de l'Objectif 1 et jusqu'à 50 % pour les partenaires des autres régions.
Les bases de la coopération au sein de l'espace SUDOE ont été consolidées au cours de la période 2000-2006. Il convient à présent que la nouvelle génération de projets capitalise les résultats obtenus durant ces années précédentes et qu'elle aille au-delà des échanges d'expériences et de la réalisation d'études. Les projets du PO SUDOE 2007-2013 devront avoir un caractère plus opérationnel et avoir un impact plus important sur le territoire. Il s'agit en fait de ce que le PO SUDOE définit comme « projet structurant ».
12 thèmes qui reflètent les projets approuvés dans le programme de coopération territoriale SUDOE - Intereg IV