As principais alterações entre os dois programas registaram-se ao nível de :
A área elegível do programa SUDOE 2007-2013 mantêm-se praticamente inalterada. Apenas as ilhas atlânticas do SUDOE, Canárias (Espanha) e Açores e Madeira (Portugal) deixam de fazer parte da área elegível no novo período de programação.
A contribuição comunitária, via FEDER, para o espaço SUDOE aumentou cerca de 50% face ao período anterior, sendo de, aproximadamente, 99,4 milhões de euros para o período 2007-2013, contra os 67,2 milhões de euros no período 2000-2006.
A taxa de financiamento FEDER passou a ser igual para todos os participantes envolvidos em projectos apoiados pelo Programa SUDOE. Assim, os projectos serão co-financiados pelo FEDER até uma percentagem máxima de 75%. As taxas de co-financiamento do programa INTERREG III B SUDOE 2000-2006 eram variáveis dependendo das regiões, podendo atingir os 85% para os parceiros das regiões ultra-periféricas, os 75% para os parceiros das regiões do Objectivo 1 e de apenas 50% para os parceiros das outras regiões.
As bases da cooperação no seio do espaço SUDOE foram consolidadas no decurso do período 2000-2006. Torna-se necessário apresentar uma nova geração de projectos que capitalizem os resultados obtidos durante os anos precedentes e que vá para além das trocas de experiência e da realização de estudos. Os projectos do PO SUDOE 2007-2013 deverão ter um carácter mais operacional e um maior impacto sobre o território. Deve-se perseguir aquilo que o PO SUDOE define como « projecto estruturante ».
12 temas que refletem os projetos aprovados no programa de cooperação territorial SUDOE - INTEREG IV