O Comité de Programação é o órgão de gestão do Programa SUDOE responsável, sobretudo, pela selecção e aprovação das ajudas que são concedidas aos projectos, bem como pelas modificações que possam ser solicitadas durante a sua execução. É composto pelos representantes de cada um dos Estados-Membros que participam no Programa, pela Autoridade de Certificação, pela Autoridade de Gestão e pela Comissão Europeia (a título consultivo).

A selecção dos projectos é realizada após a co-instrução técnica dos formulários de candidatura realizada pelo Secretariado Técnico Conjunto e pelos correspondentes nacionais. O Comité de Programação toma as suas decisões com base numa série de critérios de selecção publicados no momento da convocatória. Os critérios de selecção tomados em consideração para esta convocatória tinham em conta o projecto em geral, os resultados esperados, a composição da parceria, o modelo financeiro e a sua adequação às políticas regionais, nacionais e comunitárias.