Para acompañar a los beneficiarios de los proyectos en la gestión y ejecución de los proyectos aprobados, se ha realizado y puesto on-line la Guía de gestión. Esta Guía está compuesta por varias fichas relativas a los diferentes aspectos de la gestión administrativa, física y financiera así como del plan de comunicación de los proyectos. Puede ser descargada en la sección "Gestión de los proyectos aprobados" de la página web del Programa.

En esa misma sección, los beneficiarios pueden encontrar las indicaciones y documentos modelos establecidos por los estados miembros para proceder a la selección del controlador de primer nivel.

Este procedimiento es nuevo en la gestión financiera de los proyectos en comparación con las prácticas realizadas en el programa INTERREG III B SUDOE. El control de primer nivel es la etapa que consiste en validar los gastos efectuados en el marco de un proyecto SUDOE, verificar su adecuación con los reglamentos nacionales y comunitarios así como comprobar el suministro de los bienes y servicios cofinanciados. Salvo para el caso del Reino Unido (Gibraltar), que dispone de un sistema centralizado, los beneficiarios del resto de estados miembros del Espacio SUDOE deben proponer a su corresponsal nacional respectivo un controlador de primer nivel que tendrá por misión realizar las tareas mencionadas. Los corresponsales nacionales de cada Estado deberán aceptar o rechazar al controlador propuesto por cada beneficiario de acuerdo con las condiciones establecidas, así como verificar los controles que éste efectúa a lo largo de todo el proyecto.

Las guías y modelos para la selección del controlador de primer nivel y para la validación posterior de los gastos están disponibles en la página web del Programa.

El proceso de selección y designación del controlador de primer nivel, al igual que el conjunto de procedimientos a seguir durante la ejecución de los proyectos, debe ser efectuado a través de la Aplicación Informática del Programa. Este programa informático desarrollado « a la medida » para la gestión del Programa y de los proyectos SUDOE aprobados pretende centralizar toda la información sobre el desarrollo de los proyectos. Esta herramienta va a permitir a los órganos de gestión del Programa llevar a cabo un mejor seguimiento de los proyectos y de la ejecución del Programa, mejorando sobre todo la pista de auditoría y el acceso a la información esencial. El desarrollo y la puesta en marcha de esta Aplicación Informática surge de la voluntad de los órganos de gestión de mejorar la gestión y el seguimiento del Programa y de los proyectos con el reto de poder acortar sobre todo los plazos del circuito financiero, intentando recurrir en menor medida al envío de documentos en papel en aras a la preservación del medio ambiente.