As candidaturas de projectos recebidas serão submetidas a duas análises. Num primeiro momento, será feita uma verificação relativa à conformidade de cada candidatura, tanto em relação às condições formais descritas no texto oficial da convocatória como aos 20 critérios de admissibilidade. Se o projecto passa esta primeira etapa, será considerado elegível e passará, portanto, à segunda análise que se centra na proposta em si mesma. Tal como na primeira convocatória, o Comité de Acompanhamento optou por um método de selecção das candidaturas de projectos em duas fases, dados os aspectos positivos que esse método apresenta.

Ao longo da primeira fase, as candidaturas serão co-instruídas, por um lado, pelo Secretariado Técnico Conjunto e, por outro, pelos correspondentes nacionais, com base num estudo elaborado de acordo com os critérios de selecção decididos pelo Comité de Acompanhamento. As conclusões da instrução, bem como a pontuação obtida por cada uma, uma vez que os critérios de selecção serão objecto de uma pontuação, serão submetidos ao Comité de Programação. Com base nesta análise, o Comité pronunciar-se-á sobre cada candidatura, de acordo com três tipos de decisão: o projecto poderá ser aprovado, autorizado a passar à segunda fase ou não autorizado a passar à segunda fase.

Os projectos autorizados a passar à segunda fase receberão, por parte, do Comité, uma série de recomendações com o objectivo de melhorar a candidatura em relação a vários aspectos. Esta segunda fase consiste, assim, num período dado pelo Comité de Programação para que os projectos realizem toda uma série de melhorias qualitativas tanto no plano técnico, como em relação à sua contribuição para os objectivos do Programa e às temáticas definidas no texto da convocatória.

Uma vez expirado o prazo dado, as candidaturas de projecto serão de novo examinadas, segundo as mesmas condições seguidas durante a primeira fase. O Comité de Programação, que se reunirá no final desta segunda fase, decidirá então aprovar ou não cada uma das candidaturas recebidas.