No período 2007-2013, o Programa SUDOE dará prioridade ao co-financiamento de projectos de cooperação transnacional estruturantes, isto é, que apresentem uma maior dimensão transnacional e realizações e resultados concretos que tenham um grande impacto no conjunto do território. Estes projectos deverão ter carácter estratégico, apresentando uma cooperação que não se centre apenas no desenvolvimento de conhecimentos e no intercâmbio de experiências entre os beneficiários, mas que, além disso, que tenha perdurabilidade no tempo e alcance resultados tangíveis que contribuam para a coesão territorial europeia.

Significa que se evitará o co-financiamento de projectos de âmbito exclusivamente local e cujos resultados não garantam a sua transferibilidade a outras regiões do SUDOE, sobretudo, as que têm um menos nível desenvolvimento. Do mesmo modo, devem evitar-se as acções que se centrem em elementos que não produzam resultados visíveis com o objectivo de maximizar o valor acrescentado comunitário e a eficiência do Programa.
O Comité de Acompanhamento decidiu que o processo de selecção das candidaturas da segunda convocatória terá em consideração as propostas que apresentem as seguintes características:

- Orientação para actividades económicas de grande valor acrescentado, que sejam representativos da identidade do território, sejam sectores de grande valor tecnológico e e inovador e ofereçam soluções para a reconversão de sectores tradicionais;

- Desenvolvimento de modelos e ferramentas inovadoras que ofereçam soluções práticas aos desafios apresentados, que vão além da sensibilização para uma problemática em particular;

- Projectos que impliquem um verdadeiro espírito de cooperação transnacional e que vão mais além de uma série de iniciativas de carácter local.

- Projectos que apresentam um maior grau de transferibilidade. Sobretudo, assegurar a transferibilidade e capitalização (mainstreaming) dos estudos e planos de actuaçao realizados, dado o considerável volume dos recursos destinados aos mesmos nos projectos aprovados.

- Projectos de desenvolvimento ou consolidação de sectores emergentes ou recursos no quais se demonstre uma vantagem comparativa do território SUDOE, que permitam o reconhecimento e a consolidação da especialização do Espaço em sectores produtivos ou ambientais específicos de grande valor acrescentado.

- Projectos em matéria prospectiva do território que contribuam para o ordenamento do território desde um ponto de vista ambiental e de valorização da paisagem, em particular para os projectos que se apresentem na Prioridade 2.

- Projectos que prevêm uma parte de investimento em infraestruturas de pequena envergadura com carácter transnacional.

- Projectos que assegurem a perdurabilidade dos resultados esperados.