No período 2007-2013, o Programa SUDOE dará prioridade ao co-financiamento de projectos de cooperação transnacional estruturantes, isto é, que apresentem uma maior dimensão transnacional e realizações e resultados concretos que tenham um grande impacto no conjunto do território. Estes projectos deverão ter carácter estratégico, em que a cooperação não se centre apenas no desenvolvimento de conhecimentos e no intercâmbio de experiências entre os beneficiários, mas que, além disso, tenha perdurabilidade no tempo e alcance resultados tangíveis que contribuam para a coesão territorial europeia.

Significa que se evitará o co-financiamento de projectos de âmbito exclusivamente local e cujos resultados não garantam a sua transferibilidade a outras regiões do SUDOE, sobretudo, as que têm um menor nível desenvolvimento. Devem evitar-se igualmente as acções que se centrem em elementos que não produzam resultados visíveis, para que possa maximizar-se o valor acrescentado comunitário e a eficiência do Programa. Em suma, deverão montar-se projectos estruturantes que produzam resultados tangíveis que possam ser transferidos para outras entidades/territórios.

Ao mesmo tempo, tendo em conta a execução do Programa SUDOE, poderão também apresentar-se candidaturas baseadas em resultados obtidos por projectos programados nas convocatórias anteriores. Esta circunstância poderá originar duas situações.

Por um lado, poderá apresentar-se uma candidatura como continuação de uma operação anterior, com o objectivo de capitalizar e aumentar o impacto do projecto sobre o território SUDOE. Nesse caso, essas candidaturas deverão apresentar uma evolução clara e evidente que permita ampliar o impacto dos resultados obtidos anteriormente. Esta evolução poderá materializar-se na parceria, no território de intervenção ou nos produtos/ferramentas tangíveis que se desenvolvam.

Por outro lado, uma candidatura poderá igualmente ser apresentada como a constituição de um cluster de projectos, a partir do reagrupamento de projectos que tenham tratado a mesma problemática e sejam capazes de fazer emergir um pólo de competência e de excelência no seio do SUDOE.