Os projectos têm de satisfazer obrigatoriamente alguns requisitos mínimos para serem elegíveis. Estes requisitos são os seguintes:
Um projecto de cooperação transnacional deve ser constituído por pelo menos dois beneficiários de dois países diferentes. Não existe limite quanto ao número máximo de beneficiários.
O PO SUDOE, tanto na sua descrição dos eixos prioritários como na definição das suas orientações gerais para a selecção de projectos sublinha que os projectos devem revestir-se de um carácter transnacional e estruturante.
Desta forma, os projectos devem contribuir para a estruturação integrada do território europeu, com investimentos de uma certa dimensão (projectos de relativa envergadura que impliquem um maior impacto e efeitos positivos sobre o território, reconhecendo os limites orçamentais existentes).
Os resultados alcançados por estes projectos devem garantir a sua transmissibilidade a outras regiões do SUDOE, em particular, aquelas que têm um menor nível de desenvolvimento.
Os projectos devem permitir um tratamento adequado das diferentes problemáticas transnacionais detectados.
Devem agrupar a massa crítica necessária de recursos para a obtenção em conjunto daquilo que não poderá ser obtido isoladamente.
Devem contribuir para a coesão territorial europeia graças a um processo integrado que complementará os outros tipos de cooperação transnacional.
Todo o projecto que beneficie de financiamento da União Europeia (UE) deve respeitar os Regulamentos Comunitários relativos aos Fundos estruturais: o Regulamento (CE) Nº1083/2006 (relativo às disposições gerais sobre os fundos estruturais), o Regulamento (CE) Nº1080/2006 (relativo ao FEDER) e o Regulamento (CE) Nº1828/2006 (no qual se fixam as normas de desenvolvimento dos anteriores Regulamentos).
Os projectos devem ainda respeitar um conjunto de outras normas comunitárias, nomeadamente:
12 temas que refletem os projetos aprovados no programa de cooperação territorial SUDOE - INTEREG IV