Em primeiro lugar, o STC efectua uma primeira análise técnica dos projectos em articulação com os correspondentes nacionais.
A selecção de projectos é efectuada de seguida pelo comité de programação com base nos critérios de selecção aprovados pelo comité de acompanhamento.
A aprovação de um projecto é consumada pela assinatura de um acordo de concessão de ajuda FEDER (documento contratual entre a autoridade de gestão e o beneficiário principal do projecto e que estabelece as condições de concessão da subvenção).
As candidaturas de projectos serão submetidas a um procedimento de selecção em duas fases.
PRIMEIRA FASE:
Durante a primeira fase, os promotores de projectos deverão apresentar a candidatura de projecto através do formulário previsto para esse efeito. Este último deverá ser preenchido na sua totalidade e apresentado juntamente com os anexos obrigatórios para a primeira fase, listados no formulário. Estas candidaturas serão co-instruídas pelos correspondentes nacionais e pelo Secretariado Técnico Conjunto e serão objecto de uma primeira selecção pelo Comité de Programação, tendo por base os critérios de admissibilidade e de selecção. Desde logo, as candidaturas recebidas serão objecto de três tipos de decisões: projectos aprovados, projectos admitidos à segunda fase e projectos não admitidos à segunda fase. O comité poderá propor para passar à segunda fase, a modificação ou a restruturação dos projectos, tanto no que concerne à parceria como aos objectivos, à tipologia de despesas e ao orçamento.
SEGUNDA FASE:
Na segunda fase, os projectos admitidos serão novamente examinados, após terem sido objecto de um trabalho de aprofundamento e de melhoria qualitativa, tanto ao nível técnico como da sua contribuição para os objectivos do Programa. O Comité de Programação analisará as candidaturas reformuladas e pronunciar-se-á sobre a aprovação ou não-aprovação dos projectos.
O PO SUDOE, tanto na sua descrição dos eixos prioritários como na definição das suas orientações gerais para a selecção de projectos sublinha que os projectos devem revestir-se de um carácter transnacional e estruturante.
Desta forma, os projectos devem contribuir para a estruturação integrada do território europeu, com investimentos de uma certa dimensão (projectos de relativa envergadura que impliquem um maior impacto e efeitos positivos sobre o território, reconhecendo os limites orçamentais existentes).
Os resultados alcançados por estes projectos devem garantir a sua transmissibilidade a outras regiões do SUDOE, em particular, aquelas que têm um menor nível de desenvolvimento.
Os projectos devem permitir um tratamento adequado das diferentes problemáticas transnacionais detectados.
Devem agrupar a massa crítica necessária de recursos para a obtenção em conjunto daquilo que não poderá ser obtido isoladamente.
Devem contribuir para a coesão territorial europeia graças a um processo integrado que complementará os outros tipos de cooperação transnacional.
Todo o projecto que beneficie de financiamento da União Europeia (UE) deve respeitar os Regulamentos Comunitários relativos aos Fundos estruturais: o Regulamento (CE) Nº1083/2006 (relativo às disposições gerais sobre os fundos estruturais), o Regulamento (CE) Nº1080/2006 (relativo ao FEDER) e o Regulamento (CE) Nº1828/2006 (no qual se fixam as normas de desenvolvimento dos anteriores Regulamentos).
Os projectos devem ainda respeitar um conjunto de outras normas comunitárias, nomeadamente:
12 temas que refletem os projetos aprovados no programa de cooperação territorial SUDOE - INTEREG IV